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PrettyAna
20.12.2015, 13:52
Einzelne Zahlen aus txt-Dateien in Python einlesen?

Guten Tag.

Ich lerne zur Zeit Python an der Hochschule und arbeite mit Python 3.5. Bisher kam ich immer gut zurecht, doch nun haben wir eine Hausübung bekommen, die mir etwas Kopfzerbrechen bereitet.

Die Aufgabe ist folgende:

Lesen Sie aus der Datei unip-mini.dat.txt Zeile SQ die Länge aller Proteine in eine Liste. Plotten Sie die Liste als Histogramm mit 50 Balken.

Beispiel, wie so eine Zeile aussieht: SQ SEQUENCE 458 AA; 53921 MW; E46E5C85D7ACA139 CRC64;

Länge: 458

Wie man grundsätzlich Dateien in Python einliest, ist mir bekannt. Ich bin auch schon so weit, dass es nur diejenigen Zeilen einliest, die eben mit SQ beginnen. Allerdings möchte ich ja nur die Länge der Proteine in der Liste haben. Nun ist mein Problem, dass ich eben nicht weiß, wie ich es fertig stelle, dass lediglich die Länge in die Liste eingefügt wird.

Mein Code sieht bisher wie folgt aus:

    #!/usr/bin/python3

    import numpy as np
    import matplotlib.mlab as mlab
    import matplotlib.pyplot as plt

    def main():
        if os.path.isfile(sys.argv[1]) == False:
            print("Datei", sys.argv[1], "nicht gefunden")
            exit(0)
        with open(sys.argv[1]) as filetoread:
            lines = filetoread.readlines()
        seq = []

        for i in range(len(lines)):
            if(re.search('SQ   ', lines[i])):
                seq.append(lines[i])

        print(seq)


    if __name__ == "__main__":
        import sys
        import os
        import string
        main()

Könnte mir da vielleicht jemand helfen? Vielleicht gehe ich die Sache ja gerade auch einfach ganz falsch an und merke es nicht.

Mit freundlichen Grüßen

Programm, programmieren, Bioinformatik, Informatik, Python
4 Antworten
ju5t1n
14.01.2015, 15:11
Datenbank mit Variable aus Python füllen

Hallo,

Ich möchte meine Temperaturmessungen gerne in einer Datenbank speichern. Das ganze System läuft auf einem Raspberry Pi in Python. Wie ich an die Druck und Temperaturdaten hinkomme, weiss ich mittlerweile. Ich habe momentan nur das Problem das bei mir der import von den Zahlen in die Datenbank nicht klappt. Hiereinmal mein Code:

#!/usr/bin/env python
import MySQLdb
db = MySQLdb.connect("localhost", "monitor", "1234", "wetterstation")
curs=db.cursor()
temperature1 = 98    #Momentan meine Variablen, ist später werden dann natürlich die werte aus den Sensoren genommen.
pressure1 = 1001

try:
curs.execute ("INSERT INTO wetterdata values(CURRENT_DATE(), NOW(),  18.2, 18.3)")
db.commit()
print "Data committed"

except:
print "Error: the database is being rolled back"
db.rollback()

So klappt das auch ganz gut, aber sobald ich eben die 18.1 und 18.3 über eine Variable mir rausfische, komme ich zu dem Error. 

curs.execute ("INSERT INTO wetterdata (date, time, temperature, pressure) VALUES (CURRENT_DATE(), NOW(), (?), (?))" , (temperature, pressure))

das klappt leider nicht.

So habe ich die Tabelle Created..

CREATE TABLE wetterdata (date DATE, time TIME, temperature NUMERIC, pressure NUMERIC);

Ich bekomme leider auf immer ein error wenn ich die (?) durch %s oder %f oder %d ersetze. Würde mich freuen wenn mir da jemand helfen kann oder mir jemand eine andere Möglichkeit vorzeigt wie man Variablen einfach in eine Datenbank im lokalen Netzwerk bekommt.

Danke, Justin

SQL, Datenbank, Python, Raspberry Pi
2 Antworten

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