Wieso tut sich Deutschland so schwer mit der Austragung der EM und es kommt oft zu solch peinlichen Zuständen?

Das mit der Bahn ist natürlich ärgerlich aber auch bei vorausgegangenen EMs/WMs gab es immer wieder unschöne Zwischenfälle.

Nur der letzte Punkt, sorry ich freu mich auch wenn Deutschland weiterkommt aber deswegen Zünde ich in Wohnorten keine Böller oder fahre hupend um 1:00 morgens durch die Gegend. Wir wohnen schon am Rand und trotzdem saßen wir um 1:00 senkrecht im Bett. Das muss echt nicht sein.

Es sollte Dir im Laufe Deines Bildungsweges einmal mitgeteilt werden oder worden sein, was eine unzulässige Verallgemeinerung ist. So etwas, wie Deine Frage hier!

Fans werden verprügelt

1. Du berichtest von einem (!) Fall. Generell ist wenig passiert, sowohl auf Seiten der Fans als auch auf Seiten der Ordnungshüter.
2. Es wird ein Foto angeführt und dass die Polizei Ermittlungen aufgenommen hat: Haben die Sicherheitsleute wirklich, wie Du suggerieren möchtest, "wild drauf los geschlagen" oder doch nur einen gewalttätigen Mobb aufgehalten. Und …
3. … gehen die Ermittlungen gegen die Sicherheitskräfte oder gegen Fans als Gewalttäter?

der öffentliche Nahverkehr scheitert

1. Fernverkehr, im Artikel ist von Fernverkehr die Rede nicht vom Nahverkehr.
2. Es werden Mängel eingestanden, aber zugleich auch ein bewältigtes Reisevolumen von 6 Millionen Fahrgästen. Scheitern? Wohl eher Erfolg mit Abstrichen.

Fans wird das Feiern nicht gegönnt

1. Missgunst sieht anders aus als "unter besonderer Beobachtung" zu stehen.
2. Das gezeigte zünden von Bengalos ist ein in gewaltbereiten Szenen immer wieder auftretendes Verhalten. Und Gewaltbereite müssen besonders beobachtet werden.
3. Nur ein Teil von Fans stehen unter Beobachtung und offensichtlich begründet. "Alle" Fans sind es nicht, fast alle wollen feiern und bleiben friedlich, nur wenige meinen Freiheit und Sicherheit anderer missachten zu müssen.

Solche Skandale

… wie eine solche polemische, schlecht recherchierte Diskussion, die so wirkt als würde sie auf Entzweiung statt auf eine Erörterung zielen, sind gottseidank selten.

noch nie in einem anderen Austragungort

Hooligans in FR schon vergessen? Oder warst Du da noch zu jung?

Weitere Beispiele könnten gefunden werden ...

War man unvorbereitet? Wie kann man das in Zukunft besser machen?

Nein, es war alles "primstens" vorbereitet und so sollte in Zukunft auch verfahren werden.

In einem großen Land passiert eben auch viel. Wenn so viele Menschen zusammenleben und zahlreiche Menschen auch noch zu Besuch sind.

Fußball ist Sport. Man sollte die Spiele nach Qualität urteilen. Für einige Fans leider ist es eine nationalistische Angelegenheit.

Peinlich ist für Deutschland vor allem die Verspätungen der DB.

Ich denke, das liegt eher daran, dass die deutschen Medien über eine deutsche EM anders berichten. In der Schweiz sehe ich kaum negative Schlagzeilen. Ich suche aber auch nicht danach. Über die WM in Katar wurde viel negativer berichtet.