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Wenn man versteht, wie Wissenschaft funktioniert, gibt es da nicht viel zu diskutieren. Die Wissenschaft ist da, im Gegensatz zu fundamentalistischen Meinungen absolut rational und stringent in ihrem Vorgehen und vorallem ergebnisoffen.
Wenn Theorien eindeutig falsifiziert werden, werden sie angepasst oder komplett verworfen. Oft müssen lediglich die exogen vorgegebene Parameter bzw. Grundannahmen entsprechend angepasst werden.
Die größte Hürde, an der regelmäßig Leute scheitern, ist die eindeutige Verifikation bzw. Falsifikation. Es besteht häufig der Irrglaube, dass das Fehlen des einen als Beweis für das Andere herangezogen werden kann. Nur weil etwas (noch) nicht bewiesen werden kann, bedeutet das aber nicht, dass es damit falsch sein muss.
Da man idR aber ohnehin kaum eine Theorie zu 100% bestätigen oder widerlegen kann, bedient man sich häufig der statistischen Wahrscheinlichkeit. Dieser Begriff wird jedoch auch häufig im allgemeinen Sprachgebrauch verwendet, ohne die mathematischen Voraussetzungen dafür zu berücksichtigen, so dass es hier auch schnell mal zu Irrtümer kommen kann.
Bei neuen Theorien ist die Wissenschaft idR immer ergebnisoffen. Genau das gilt auch für den unbekannten Teil des Universums.
Der Beste Weg, Theorien darüber zu erstellen, liegt darin, einen logischen Ansatz zu verfolgen. Konkret ist das die anfänglichen Annahme, dass die naturwissenschaftlichen Basics auch dort gelten, es sei denn, es gibt logische Hinweise darauf, dass dem nicht so ist.
Ohne irgendwelche Ansatzpunkte ist es aber schwer, aug wissenschaftlicher Basis Theorien über Unbekannte zu entwerfen. Das gehört wohl eher zur Kernkompetenz anderer Disziplinen (Philosophie, Theologie etc.)