Wie berechnet man die Länge von Fragmenten (Plasmide)?
Aufgabe 1 a). Wie berechnet man diese geschnittenen Längen?
Nochmal hier die Aufgabe abgetippt, falls das Bild unlesbar ist.
"Das Plasmid pBR322 war eines der ersten künstlich hergestellten Plasmide, um Fremd-DNA in das Bakterium Escherichia coli einzuschleusen. Es besteht aus 4361 Nucleotiden und enthält Resistenzgene gegen die Antibiotika Ampicillin und Tetracyclin. Zudem bietet es für viele Restriktionsenzyme genau eine Schnittstelle. In der Abb. ist jeweils in der Klammer die Nummer des Nucleotids angegeben, nach dem der Schnitt erfolgt.
a) Einem Ansatz mit Plasmiden vom Typ pBR322 werden die Restriktionsenzyme EcoR 1, Pst 1 und Sal 1 zugegeben. Dabei werden nicht alle Plasmide von allen drei Restriktionsenzymen geschnitten. Berechne die Länge der möglichen Fragmente.
Die Abb. ist schwer zu lesen. Würdest du sie bitte richtig herum einstellen und evtl. in etwas besserer Qualität? Alternativ tippe die Frage einfach in deine Fragestellung ab.
Habe ich erledigt.
1 Antwort
Die Restriktionsenzyme schneiden jeweils an unterschiedlichen Stellen das Plasmid. Die Schnittstellen entnimmst du den Angaben aus der Abbildung. Am besten, du zeichnest dir das Plasmid auf und zeichnest die Schnittstellen der Restriktionsenzyme ein. Anhand der Schnittstellen kannst du dann die Länge der jeweiligen Fragmente ganz leicht abzählen.
Beispiel: Angenommen, ein 4000 bp langes Plasmid wird von einem Restriktionsenzym bei 100 und bei 2000 bp geschnitten und ein zweites schneidet bei 150 bp und 3000 bp. So erhältst du insgesamt 5 Fragmente. Das erste (von 0 bis zur ersten Schnittstelle) ist 100 bp lang, das zweite (Von Basenpaar 100 bis 150) ist 50 bp lang, das nächste 1850 (von der nächsten Schnittstelle bei 2000 minus die bisherigen Fragmente) und dann kommen noch zwei je 1000 bp lange Stücke (zwischen Basenpaar 2000 und 3000 sowie zwischen 3000 und 4000).
Zum Schluss machst du die Kontrolle, ob du dich auch nicht verrechnet hast. Du addierst die Größe deiner ermittelten Fragmente und solltest als Ergebnis wieder bei der Gesamtgröße deines Plasmids herauskommen, also bei 4361 bp.