Genalayse - Unterschied STR/VNTR und RFLP?
Hallo!
Ich befasse mich gerade mit dem genetischen Fingerabdruck. Im Grunde sieht es immer so aus, dass eine DNA-Probe mittels Restriktionsenzymen zerteilt wird und diese Fragmente dann, um ein Bandenmuster als "Fingerabdruck" zu erhalten, im Rahmen der Gelelektrophorese behandelt wird.
Jetzt meine Frage, denn es werden verschiedene Analysen beschrieben, bei denen mir der Unterschied nicht wirklich klar wird. Zuerst die Definitionen
1. STR: Short Tandem Repeats (kleine, wiederholte Basensequenzen im nicht-codierenden Bereich)
2. VNTR: Variable Number of Tandem Repeats (unterschiedlich lange, wiederholte Basensequenzen im nicht-codierenden Bereich)
3. RFLP: Restriction Fragment Length Polymorphism: DNA wird zerteilt und es entstehen durch individuelle Mutationen mehr oder wenige solcher Teilungen durch Restriktionsenzyme also kürzere und längere Fragmente, die verglichen werden können
Meine Fragen nun im Detail:
1. STR und VNTR befassen sich beide mit dem Thema Tandem Repeats, bei VNTR mit variabler Länge, bei STR kurze Tandems. Sind die STR also eine Untergruppe der VNTR?
2. Wo liegt nun der Unterschied zwischen STR/VNTR und RFLP? Denn besonders bei VNTR mit variabel langen Tandem Repeats ist die Fragmentlänge unterschiedlich, genau wie bei RFLP. In meinem Buch steht was von Gensonden die bei RFLP eingesetzt werden und heute ist STR, weil die Methode einfacher ist, die gängige? Im Internet steht, dass bei RFLP eben die DNA zerschnitte und in der Gelelektrophorese aufgeteilt wird (Bandenmuster) und bei STR/VNTR steht, dass diese Tandem Repeats ausgeschnitten und dann abgewogen werden, je schwerer die Probe desto mehr Tandem Repeats. Aber dann würde ja die Durchführung der Gelelektrophorese bei STR keinen Sinn machen, wenn da nur etwas gewogen wird...
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Es geht generell bei uns gerade um den genetischen Fingerabdruck, d.h. DNA-Probe -> Vermehrt durch PCR -> durch Restriktionsenzyme zerteilt -> mit Gelelektrophorese Bandenmuster erstellen.
Der Unterschied zwischen den drei Fällen oben wird mir dabei einfach absolut nicht klar. RFLP macht für mich Sinn, aber im Buch steht eben, dass heute eigentlich nur noch STR genutzt wird...
Ich hoffe hier kennt sich jemand mit dem Thema aus :)
Danke im Voraus für Hilfe!
1 Antwort
STR (Mikrosateliten) befinden sich, wie du schon geschrieben hast, im Genom in nicht codierenden Bereichen. Links und rechts neben den STR befinden sich bekannte konstante Sequenzen, für die primer designd werden. Durch einfache Amplifikation in einer PCR werden dann diese Abschnitte vervielfältigt und in einem Gel aufgetrennt. Bei unterschiedlich langen STR entstehen deshalb Banden an unterschiedlichen Positionen, da die STR in ihrer Länge variieren.
Beim RFLP entstehen die unterschiedlichen Banden durch Mutationen, die in Erkennungssequenzen von Restriktionsenzymen entstanden sind. Wenn die im Gel aufgetragen werden, entstehen dann natürlich auch unterschiedliche Bandenpositionen.