Was sind die Unterschiede zwischen DNA- Sequenzierung nach Sanger und NGS mithilfe eines Sequenzierautomats?
Gibt es eigentlich Gemeinsamkeiten? Danke für jede Erklärung :)
2 Antworten
Sanger benötigte, weil es nur einen Stoff zum Markieren gab, für jede der vier Nukleotide (A, G, C und T) einen eigenen Reaktionsansatz. Beim Next Generation Sequencing ist nur noch ein Reaktionsansatz notwendig, da jedes Nukleotid mit einem eigenen Fluoreszenzfarbstoff markiert wird.
Bei der Kettenabbruchmethode musste das Ergebnis auch noch aufwändig manuell ausgewertet werden. Beim Next Generation Sequencing erfolgt die Auswertung hingegen automatisiert, weil das Sequenziergerät die verschiedenen Fluoreszenzsignale erkennen kann.
Mit dem Sanger-Verfahren konnten immer nur maximal einige hundert Basenpaare sequenziert werden. Ein Gen, das ja aus tausenden Nukleotiden bestehen kann, musste daher aufwändig in vielen kleinen Schritten sequenziert werden. Das ist heute anders, heute können viel längere DNA-Abschnitte sequenziert werden. Insgesamt geht's heute also viel einfacher, schneller, kostengünstiger und auch gesünder, denn beim Sanger-Verfahren waren die Didesoxynukleotide noch mit einem radioaktiven Stoff markiert.
Inzwischen gibt es auch schon 3rd Generation Sequencing-Verfahren. Im Unterschied zum Sequenzieren der zweiten Generation kann dabei die DNA in "einem Rutsch" sequenziert werden. Beim 2nd Generation Sequencing wird die DNA noch mittels Shot Gun Methode in kleine sequenzierbare Fragmente zerschossen und die komplette Sequenz dann aus den Daten anhand der Überlappungen der unterschiedlich großen Fragmente rekonstruiert. Ein weiterer Unterschied ist, dass beim Sequenzieren der dritten Generation schon die DNA einer einzelnen Zelle ausreicht. Es entfällt der Schritt der Amplifizierung mittels PCR.
Es besteht kein großer Unterschied, das Ergebnis der Sequenzanalyse bleibt gleich.
Letzteres ist die modernere Version und einfacher ablesbar.