Das sind sie nicht, nein.
Der eingesparte Weg wird durch erhöhten Luftwiderstand, niedrigere Höchstgeschwindigkeiten und niedrige Attraktivität überboten.
Hoher Luftwiderstand (durch dichtere Luft) bremst nicht nur das Flugzeug stärker, es erhöht auch den Verschleiß und den Kraftstoffverbrauch sehr stark.
Die Triebwerke gängiger Verkehrsflugzeuge, bei denen sich überhaupt eine Frage nach dem "niedriger" stellen könnte, sind auf große Höhen optimiert.
Das alles erhöht natürlich auch die Kosten sehr stark.
Zusätzlich bleibt den Piloten weniger Reaktionszeit, sollte es Störungen am Flugzeug geben. Ein großes Passagierflugzeug kann theoretisch sogar ohne Triebwerke im Gleitflug landen. Ob die nötige Geschwindigkeit und Reichweite dann noch ausreicht, wenn man deutlich niedriger fliegt, ist zu bezweifeln.
Katastrophale Flugunfälle könnten sich vermehren, wenn so viel Verkehr in niedrigeren Höhen stattfindet.
Und zu guter letzt gibt es noch den Lärmaspekt. Flugzeugtriebwerke sind extrem laut. Fliegt man tiefer, verliert sich weniger Schall und das Fluggeräusch wird lauter. Wer in einer Flugschneise wohnt, kann davon ein Lied singen.
Insgesamt wäre es also wohl nicht von Vorteil, in niedrigeren Höhen Flüge mit hohem Passagieraufkommen durchzuführen.