Letztendlich sind die Separatisten, eigentlich Konföderation Unabhängiger Systeme, eine Gegenbewegung von Systemen, die sich von der galaktischen Republik separiert haben, hauptsächlich weil sie mit der Republik unzufrieden waren. Gewisse Manipulationen haben natürlich auch ihren Teil dazu beigetragen, dass sich so viele Systeme den Separatisten angeschlossen haben. Sie hatten aber teilweise noch Sitze im Senat, zum Beispiel Senator Lott Dod, der die Handelsförderation vertrat.
Die Separatisten wurden offiziell von Count Dooku angeführt, de Facto aber von Kanzler Palpatine, die Separatisten standen nämlich ebenso wie die Republik unter seiner Kontrolle, es lässt sich also sagen, dass Palpatine quasi die Klonkriege zugunsten seines eigenen Machtgewinns inszeniert hat.
Wichtig sind auch die Organisationen innerhalb der Separatisten, die wichtigsten sind die folgenden:
- Die Handelsförderation
- Der Bankenclan
- Die Techno-Union
- Die Handelsgilde
- Das Hyperkommunikationskartell
- Geonosian Industries
Die Anführer der Separatisten wurden zum Kriegsende von Anakin Skywalker / Darth Vader auf Mustafar getötet, dadurch konnte Palpatine die galaktische Republik zum galaktischen Imperium umgestalten.