Warum sind Städte aus der Antike/Mittelalter unter der Erde und müssen ausgegraben werden?

Eroberer sind immer die niedrigeren Kulturen, das sieht man auch heute wieder sehr deutlich. Um nicht dauernd an ihre geistige Unterlegenheit erinnert zu werden, machen sie alles kaputt, das sie nicht verstehen und deswegen auch nicht schätzen können. Auf den Trümmern bauen die neuen Herren dann ihre Existenz auf, bis der nächste kommt und sie zerstört; Troja kann man mit seinen neun Schichten gut als Beispiel dafür hernehmen.

über die lange zeit sind sände dreck und alles drüber gekommen und haben sich mit der zeit gehäuft bis es unter der erde war das passiert sehr oft wenn der bau unter dem meeresspiegel lag und nicht erhöht

Die sind nicht zwingend unter der Erde. Das ist davon abhängig, ob die Erosion in diesem Bereich Material abträgt oder auflagert. Das dann relevant, wenn man außerhalb von aktuellen Siedlungen schaut.

So gut wie jede Stadt wächst auf ihrem eigenen Dreck nach oben. Über Jahrhunderte hinweg werden Gebäude gebaut, abgerissen und an ihrer Stelle neue errichtet. Meist hat man nicht allen Schutt abgeräumt. Dadurch können Städte im Lauf der Zeit mehrere Meter ihrer eigenen Geschichte unter sich sammeln. Wir Archäologen freuen uns darüber, da uns diese Schichten in chronologischer Reihenfolge die Geschichte erzählen.

Nicht alle Städte sind unter der Erde vorallem nicht aus dem Mittelalter. Köln stammt aus der Antike, viele heutige Dörfer und Städte wurden im Mittelalter gegründet. 

Die Städte die ausgegraben werden, wurde überbaut, in Asche gehüllt (Pompeii), zerstört (Troja) oder von Erisionen überdeckt.