HPV Nachweis?
Hallo Leute,
Am Mittwoch schreibe ich eine Biologie Klausur.
Ich würde mich sehr freuen, wenn ich mir zu diesen Aufgaben Lösungsansätze geben könntet.
Ich weiß leider nicht wie ich dies angehen soll
Liebe Grüße
S.
1 Antwort
Welche Fragen genau sind dir denn nicht ganz klar?
Bei a.) ist nach dem generellen Ablauf einer PCR gefragt. Das solltest du einfach im Lehrbuch oder im Internet noch einmal nachschlagen. Schau dir dazu genau an, welche Temperatur der jeweilige Arbeitsschritt erfordert und warum. Dazu ist es hilfreich, über die Eigenschaften der verwendeten Enzyme (Temperaturstabilität) und die Schmelztemperatur von DNA bescheid zu wissen und schon hast du deine Lösung.
Bei b.) musst du einfach ein bisschen vergleichen und schauen, was sinnvoll ist. Das erste Beispiel wäre zum Beispiel ungeeignet, da der eine Primer ziemlich kurz ist und somit sonstwo andocken und amplifizieren könnte.
Bei c.) schau dir einfach die Richtung an, in die der DNA-Strang verläuft und die Richtung des Primers, die durch den Pfeil angegeben ist. Bei den ersten beiden Beispielen ist die Sequenz identisch mit der angegebenen DNA-Sequenz (allerdings musst du beachten, dass der Primer dann natürlich nicht den angegebenen DNA-Strang verlängern wird, sondern den dazu komplementären, der nicht angegeben ist und von links nach rechts in 3'-5'-Richtung verläuft). Bei den beiden anderen Beispielen verlängert der Primer die tatsächlich angegebene DNA-Sequenz, du musst also für die Primer-Sequenz einfach die komplementäre Sequenz aufschreiben und beachten, dass 5'-3'-Richtung gefordert ist, also von rechts nach links schreiben.
Bei d.) sind ja die Positionen der Basenpaare angegeben. Schau dir die Abbildung an, wie groß die DNA-Fragmente aus der DNA-Amplifikation sind und dann kannst du dir ganz einfach ausrechnen, bei welchen beiden Primern ein Fragment herauskommt, das ein Fragment der ermittelten Länge hervorbringt. Du brauchst natürlich einen Primer, der den angegebenen Strang verlängert (P3 oder P4) und einen, der den komplementären Strang verlängert (P1 oder P2). Möglich wären also als Paarung P1 und P3, P1 und P4, P2 und P3 sowie P2 und P4 - und dann schau einfach, bei welcher Paarung ein Fragment mit der Länge von knapp über 200 bp herauskommt. ;-)
Bei e.) könnte man anführen, dass sich die beiden HPV-Typen an dieser Stelle nur geringfügig voneinander unterscheiden, also einzelne Punktmutationen vorliegen müssen, dass gleichzeitig aber diese Stelle vergleichsweise stark konserviert ist, das Hüllprotein also für HPV-Viren essentiell ist. Eine andere Aussage wäre, dass die beiden DNA-Abschnitte trotzdem die gleiche Länge aufweisen, eine bloße Beurteilung aufgrund der Fragmentlänge also nicht zur Identifizierung des HPV-Typs ausreicht und weitere Analysen notwendig sind [siehe f.)].
Bei f.) würde ich mir mal Methoden zur DNA-Sequenzierung anschauen, zum Beispiel die Kettenabbruchmethode nach Sanger. Eine andere Möglichkeit wäre die Analyse durch eine denaturierende Gradienten-Gelelektrophorese.
Wow, vielen vielen lieben Dank 😍 Die Ansätze reichen mir schon um weiter zu kommen. Nochmals vielen vielen Dank 😊