Heißt es „In zwei Kilometer“ oder „In zwei Kilometern“?

die andere Version geht nur ohne das In'

Der Akkusativ, also zweitens, ist richtig.

Es wäre nützlich, einen ganzen Satz anzugeben, in welchem das vorkommen soll. Einfach so kann ich mir nicht recht vorstellen, was die Präposition "in" da überhaupt bedeuten soll.