Guten Tag, warum sagen wir zu Nippon Tokyo? Woher kommt das?

Nippon ist Japan, nicht Tokyo. Das liegt an der original Aussprache (Nihon/Nippon). Link.

...schlecht recherchiert, lieber Fragesteller:

Nippon/Nihon ist das Kaiserreich Japan

Soweit ich weiß ist die Hauptstadt Tokio zum Teil noch Edo genannt so wie Tokio in der der Meiji-Dynastiezeit hieß, da die Hauptstadt von Yokohama nach Edo(Tokio) in diesem Zusammenhang verlegt wurde.