Elektronische Zeiterfassung Pflicht?

Nabend, ich mache zurzeit meine Ausbildung als Kaufmann im Einzelhandel beim Netto Marken Disqount.
Was mich ungeheuerlich stört ist die Zeiterfassung, diese besteht nämlich daraus, dass die Zeiten vom Arbeitsplan ( Papier ) ins Arbeitsstundenportal eingeben werden.

Das Problem: Ich als Azubi habe oft Überstunden, z.B bei der Frühschicht ist zwar 6 Uhr als Beginn vermerkt, man muss aber schon um 5:30 Uhr da sein ( JEDER ) egal ob Teilzeit oder Vollzeit. Dann endet auch eigentlich die Schicht um 14:00 Uhr, in der Regel aber geht es oftmals bis um 14:15-15:00 Uhr. Aber auch meine Chefin die Filialleitung hat mächtig Überstunden und trägt Sie diese ein gibt es oftmals von oben dumme Kommentare oder gar Mahnungen, dass es keine Überstunden gäbe.

Bei Lidl ist es mir soweit bewusst, dass die eine elektronische Zeiterfassung haben.

Könnte ich da etwas tun ? Ich habe auch etwas Angst um meinen Platz da ich wieder in der Probezeit bin.