Es gibt nur ein einziges Ende und zwar das, wo alle überleben.
Hier wäre es vielleicht richtiger zu sagen, dass es bloß in dem Anime ein Ende gibt. Denn was viele nicht wissen, und woher die größte Verwirrung kommt, ist, dass Clannad ursprünglich ein Spiel ist. In diesem Spiel kann man verschiedene Enden freischalten. Sammelt man während des Spiels genügend kleiner Lichter, die man jedes Mal erhält, wenn man eine gute Tat vollbringt, kriegt man ein Bonus-Ende. Tomoya bekommt einen Wusch frei und anstatt, dass das Spiel so endet, dass alle Sterben wünscht er sich, dass Nagisa überlebt.
Im Anime ist es dann so, dass Tomoya genug Lichter gesammelt hat. er bekommt also einen Wunsch. Er Wünscht sich, dass Nagisa die Geburt überlebt.
Das waren jetzt alles Fakten (hoffe ich) nun zu meinen Thesen :-D
Ich habe allderdings keine Ahnung warum Tomoya sich hinterher noch an die Zeit erinnern kann, die nach Nagisas Tod kam und warum Nagisa in der Szene, in der Tomoya die Möglichkeit hatte an ihr vorbeizugehen, da sein ürsprünglicher Wunsch lautete "Ich wünschte, Nagisa niemals begegnet zu sein" (Den er dann in letzter Sekunde zu "Ich wünschte Nagisa überlebt die Geburt" änderte) über alles bescheid wusste. Ich denke mal das Nagisas "Geist" die ganze Zeit über Tomoya gewacht hat und in seiner Nähe blieb, also alles mitbekam. (Dank Fuko(?) wissen wir ja, dass Geister sehr wohl eine Rolle in der Story spielen können)
Das Mädchen in der anderen Welt entstand wahrscheinlich nach dem Tod von Tomoyas Tochter. Sie harrte in dieser Welt die Zeit aus, bis zu der sie wieder ins Leben gerufen wurde... doch die Sache mit dem Roboter verstehe ich nicht ganz. Es wurde ja deutlch, dass dieser Tomoya sein sollte.. aber wie ich das logisch in einen Zusammenhang setzen kann, weiß ich auch nicht.
Das ist bloß meine Auffassung von Clanned. Ich kann auch total daneben liegen!