Dein Kauf wird höchstwahrscheinlich mit der AppleID verknüpft sein. Wenn du den einmaligen Kauf (nicht Abo) gewählt hast, muss es so sein. Zur Verifizierung kannst du bei der AppleID nach Käufen schauen und du wirst du dort GoodNotes finden.
Dein Dokumente wirst du wahrscheinlich auch in der iCloud haben. Das ist wieder ein Apple Produkt, also mit der AppleID verknüpft. Keine Ahnung, ob es Probleme gibt, wenn man die gleichen Dokumente mit einem anderen GoodNotes Konto abrufen möchte.
Du kannst in GoodNotes auch manuelle Backups machen.
Alternativ kannst du ein automatisches Backup einrichten, sodass PDFs der Dokumente bzw. eine GoodNotes Datei (oder beides) bei einem anderen Cloud Anbiter hinterlegt wird. Das erneute Importieren von allen Dokumenten dürfte nicht so leicht sein, aber du hättest z.B. ein PDF aller Dokumente.
Die verschiedenen Backup Lösungen können auch unabhängig von der falschen E-Mail Adresse sinnvoll sein.
Zum Thema E-Mail ändern, gehe doch einfach mal in der GoodNotes App auf dein Profil. Was passiert, wenn du dort auf die E-Mail tippst?
Da ich Login mit Apple gewählt habe, kann ich die Mail nicht ändern. GoodNotes ist in dem Fall dafür auch nicht zuständig sondern Apple.