mit sicherheit schon. Aller spätestens als er sein sharingan gesehen hat, aber ich denke auch schon recht früher. Jiraya wirkt nicht unbedingt so, aber er ist doch relativ schlau.
I mean er ist Narutos Lehrer und wenn da jemand ankommt der Naruto ähnlich sieht und ähnlich heißt + Rasengan und so muss ja schon verdacht aufkommen. Und wenn dann noch jemand der Sasuke wahrscheinlich ähnlich sieht mit nem alten Brief von Sakura mit dem ohne hin schon verdächtigen Boruto auftaucht...
Wie gesagt: es wäre mehr als nur komisch, wenn er es nicht gewusst hätte.