Eigentlich muss die Zeit nachgearbeitet werden oder es wird vom Gehalt abgezogen. Wenn man mit deinem Vorgesetzten reden kann und er Verständnis und Kulanz zeigt, dann kannst du die Minuszeiten evtl. mit Urlaub ausgleichen, d.h. indem du auf Urlaub verzichtest.
Da du aber schreibst, dass du eigentlich nicht wirklich selbst schuld bist weiß ich die Lage nicht richtig einzuschätzen. Ich hatte während meiner Ausbildung so viele Minusstunden die durch 3 mal wöchentlich Berufsschule verursacht wurden und ich musste alles nacharbeiten und teilweise meinen Urlaub opfern obwohl ich eigentlich auch nix dafür konnte.