Woher weiß Rutherford, dass der Atomkern positiv aufgeladen ist und die Atomhülle negativ und nicht andersrum?

positiv und negativ sind "abstrakte größen" .. man hätte es genau so gut andersrum definieren können.

Dass Elektronen negativ geladen sind, wusste man auch schon vorher. Ebenso, dass das Atom als Ganzes neutral ist. Die Frage war "nur" noch, wie sich die positive Ladung im Atom verteilt. Sind die Elektronen wie Rosinen in einem positiven Atomkuchen? Das klärte dann Rutherford: Nein, die positiven Ladungen sitzen in einem sehr kleinen Massenzentrum des Atoms.

Er wußte, daß seine α-Teilchen positiv geladen waren. Die meisten davon konnten die Goldfolie glatt durch­schschlagen, aber ein paar trafen auf irgendetwas Hartes und wurden zurückgeworfen.

Dieses „Harte“ mußte sehr klein sein (die meisten α-Teilchen gingen ja durch und trafen nicht darauf). Und es mußte positiv geladen sein, sonst würde es die positiven Alphas nicht so stark abstoßen. Und es mußte deutlich schwerer sein als ein α, sonst würde es ja vom α weggekickt werden.

Also nahm er an, daß die ganze Masse und die ganze positive Ladung des Atoms in einem sehr kleinen Kern konzentriert sein müssen.