Rolle und Entstehung der Nicks bei DNA-Mismatch-Reparatur?
Hallo zusammen,
soweit ich die DNA-Mismatch-Reparatur verstanden habe, liegen die beiden DNA-Stänge nach einem Mismatch an der Stelle nicht mehr so nah beieinander, wodurch sie durch DNA-Mismatch-Proteine erkannt werden.
Damit erkannt wird, welcher der neu synthetisierte Strang ist, erkennen die Mismatchproteine zusätzlich Nicks, die nur am neu synthetisierten Strang vorkommen. Bitte korrigiert mich, wenn ich bis hier hin falsch liege.
Wie Nicks am Folgestrang entstehen ist mir klar. (Wegen der diskontinuirlichen Synthese entgegen der Auftrennungsrichtung des Doppelstrangs durch die Helikase, entstehen die Okazaki-Fragmente und die fehlenden Phosphatreste zwischen den Lücken an den Okazaki-Fragmenten werden durch die DNA-Ligase geschlossen.)
Jetzt zur eigentlichen Frage:
Wie entstehen solche Nicks am Leitstrang, wenn dort ja koninuierlich synthetisiert wird?
1 Antwort
Damit erkannt wird, welcher der neu synthetisierte Strang ist, erkennen die Mismatchproteine zusätzlich Nicks, die nur am neu synthetisierten Strang vorkommen. Bitte korrigiert mich, wenn ich bis hier hin falsch liege.
Das sollte man an der Stelle tun:
Neuer und alter Strang werden nicht durch Einzelstrangbrüche (nicks) unterschieden, sondern durch vorhandene oder nicht vorhandene DNA-Modifikationen (Methylierung).
Der alte Strang (die Matrize) ist methyliert. Der neue Strang noch nicht methyliert. In der Zeit bis der neue Strang methyliert wird, kann der DNA-Doppelstrang auf Fehlpaarungen (mismatches) überprüft werden.
Wobei das Mismatch-Reparaturprotein die Base am nicht-methylierten Strang austauscht und somit die Wahrscheinlichkeit erhöht, die ursprüngliche Sequenz zu erhalten bzw. wiederherzustellen.
Es schneidet dafür großzügig benachbarte DNA-Einzelstrangbereiche heraus und dafür fügt es solche nicks ein. Die DNA wird dann vorübergehend einzelsträngig und der herausgeschnittene Einzelstrang mit der Stelle der Fehlpaarung und deren benachbarten Bereiche werden durch neue Basen ersetzt, die nicks dann durch Ligase geschlossen.