Python Schleife?

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Zuallererst: Textdateien solltest du niemals gleichzeitig lesen und schreiben. Erst zum Lesen öffnen, dann schließen, dann zum Schreiben öffnen, schreiben und schließen. Am besten mit Kontext (also with-Statement) und mit readlines()/writelines(), das spart Tipparbeit und ist zuverlässig. In etwa so (ungetestete Skizze):

with open(dateiname) as f:
   lines = f.readlines()

with open(dateiname, "w") as f:
   f.writelines(lines[1:]) # erste Zeile wird übersprungen
Ich habe die Vermutung, dass das Programm nicht nur nach Zeilenumbrüchen trennt, sondern auch, wenn ein Pfad in der Datei "\n" enthält

Nein. Solange es kein Raw String ist, dient der Backslash als Escape-Zeichen. Da ist ein Unterschied.

Der entscheidende Fehler hier ist, dass pop(0) nicht den Rest des Arrays zurückgibt sondern die erste Zeile die entfernt wird.