Proteingrößen Datenbank
Hallo, ich werte ein SDS Page aus mir einer Probe die unbekannte Proteine enthielt. Die Aufgabe ist es, vermutungen aufzustellen um welche Proteine es sich handeln könnte. Ausschließlich mit der Größe begründet. Ich weis aber nicht wo ich nachsehen kann welchem Protein man z.B die größe 149 kDa zuordnen kann.
Gibt es da eine Daten Bank, oder wie gehe ich am sinnvollsten an diese Aufgabe heran um sie zu Lösen?
2 Antworten
Hi, also das ist sehr schwierig wenn nicht sogar unmöglich. Hast du irgendwelche weiteren Informationen, z.B. den Organismus oder eine Auswahl von möglichkeiten?
Also es gibt Datenbanken dazu: NCBI (USA), EBI (Europa) und auch noch andere. Einfach googlen der erste Treffer stimmt. Da kann man sich alle bekannten Proteine von Organismen angucken. Eigentlich ziemlich hoffnungslos wenn du jetzt z.B. E. coli hättest aber vllt. hilfts ja. Ansonsten gibts noch PDB, das ist eine Proteindatenbank mit Strukturinformationen und so weiter, aber ich schätze das hilft dir auch nicht weiter. Wenn ich dich jetzt richtig verstanden habe geht es nur um extrazelluläre Proteine. Also wenn das deine einzigen Anhaltspunkte sind gibts wahrscheinlich viel zu viele Proteine, die die gleiche Größe haben. Tud mir Leid, da kann ich dir wohl nicht viel weiterhelfen.
Ich gehe ganz stark davon aus, dass der Versuchsleiter genau weiß, um welche Proteine es sich handelt, oder? Er wird dann auch wissen, ob man das herausfinden kann, oder nicht. Versuch es nach dem Ausschlussprinzip. Was kann überhaupt nur in der Probe enthalten sein? Wie groß sind diese Proteine? Vielleicht ist so ja eine gute Zuordnung möglich.
Wenn es ansonsten nur um eine grobe Orientierung einer völlig unbekannten Probe gehen sollte, wirst Du nicht besonders weit kommen. Vielleicht wirst Du sehr große Haufen (die dann wie? durch das Gel gekommen sind... :-) ) höchstens den Globulinen zuordnen können. Mehr wohl nicht.
Also, denk nach, was drin sein könnte. Ansonsten lass Dir von Deinem Versuchsleiter einen möglichen Lösungsweg zeigen.
Schlotterbuex
Es gab keinen der gewusst hätte, wie die Banden zuzuordnen sind. Rückblickend, denke ich wollte mein Betreuer wohl nur, dass ich mir Gedanken dazu mache und hatte einfach die Hoffnung ich stoße auf etwas, das er übersehen hat. Aber diese Aufgabe wäre immernoch nicht lösbar.
Es war eine Probe von einem Fermentermedium. Den Organismus kenne ich. Möchte ich aber lieber nicht sagen, da ich darüber genaugenommen schweigen muss. Das Gel ist im Ramen eines Betriebspraktikums entstanden, die Auswertung davon soll ich nachreichen. Ich habe schon vermutet, dass es sinnfrei ist die Banden irgendwelchen Proteinen zuzupordnen, aber mein Vorgesetzter wollte, dass ich es so mache. Alle Proteine sind Proteine die Im Medium ohne Biomasse rumgeschwommen sind. Über den Organismus weiß man nicht sehr viel. In freien Publikationen habe ich auch nur ein Transmembranprotein gefunden, und das wird wohl gar nicht in der Probe gewesen sein.