Macht es bei Gewitter was wenn die Heizung auf Zündflamme ist?

Nein.

Denn selbst wenn der Blitz in die Gasleitung einschlagen würde (was ich für recht unwahrscheinlich halte), wäre es ihm völlig egal, ob die Zündflamme brennt oder nicht.

Und auch wenn der Blitz über die Stromleitung in dein Heizgerät kommt, macht die Zündflamme wohl kaum einen Unterschied.