Kann man einer Variable in Java 2 Werte zuweisen (Kordinaten haben ja x und y)?

Eine Variable zeigt immer nur auf einen Wert. Dieser Wert kann aber auch ein komplexes Objekt sein.

Bei Aufzählungen von Werten gleichen Typs wären Datenstrukturen wie Listen, Arrays, o.ä. passend. In Java gibt es da schon eine Menge vorimplementierter Typen (Arrays sind Bestandteil der Sprache, in der SE gibt es Typen wie ArrayList, LinkedList, HashMap, Stack, usw.).

Bei einer Koordinate hingegen würde ich eher einen speziellen, komplexen Typ wählen, um die Achsenwerte logisch deutlich voneinander zu trennen.

Du könntest die bereits vorhandene Klasse Point nutzen:

Point someCoordinate = new Point(2, 3);
System.out.printf("x: %d y: %d", someCoordinate.getX(), someCoordinate.getY());

oder du schreibst dir deinen eigenen Typ:

class Coordinate {
  private int x;
  private int y;

  public Coordinate(int x, int y) {
    this.x = x;
    this.y = y;
  }

  public int getX() {
    return x;
  }

  public int getY() {
    return y;
  }

  public void setX(int x) {
    this.x = x;
  }

  public void setY(int y) {
    this.y = y;
  }
}

// usage:
Coordinate someCoordinate = new Coordinate(2, 3);
System.out.printf("x: %d y: %d", someCoordinate.getX(), someCoordinate.getY());

Einer Variable kann immer nur ein Wert zugewiesen werden. Ich würde es mit einem Tuple machen wenn die Koordinaten nicht veränderbar sind. Ansonsten wie von anderen vorgeschlagen ein Array nutzen.

Eine Variable enthält immer nur einen Wert.
Du könntest Du natürlich eine Double Variable nehmen und so tun als wäre die Vorkommastelle der X und die Nachkommastelle der Y Wert, das wäre aber unnötig kompliziert auszulesen und zu ändern.
Stattdessen solltest Du lieber ein Array, die Point Klasse oder ggf. eine Liste verwenden.

X und y sind doch 2 Werte

Also einfach ein Array mit x und y Wert