Java Projekt strukturieren?

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Das entspricht der Maven-Projektstruktur.

https://maven.apache.org/guides/introduction/introduction-to-the-standard-directory-layout.html

Die musst du nicht verwenden, ist aber in OSS-Projekten mehr oder weniger der de-facto-Standard, weil dort eben sehr häufig Maven verwendet wird (und selbst wenn's Gradle ist, orientiert sich das oft am Maven-Layout).

Ein anderes Thema ist die Package-Struktur da drin. Die hängt vom Projekt ab, es gibt aber sinnvolle Muster - etwa nach Schichten (z.B. Backend, Frontend) und nach funktionalen Bereichen. Hier ein Beispiel: https://blog.hello2morrow.com/2015/06/love-your-architecture/

Ein Package wird in der Regel nach der URL des Erstellers benannt.

Meine Packages heißen zum Beispiel alle

com.spacewar.beans
com.spacewar.server
com.spacewar.etc

oder

de.xearox.server
de.xearox.etc

und wenn man nun den Pfad verfolgt steht dann da:

src/main/java/com/spacewar/server/Server.java

Wie man irgendwas importiert?

Du fügst die Jar zu deinem Buildpath hinzu und kann dann auf die Funktionen der Jar zugreifen.

Und zum letzten Punkt, siehe oben, so mache ich das.