Intel CPU leicht mit Wärmeleitpaste beschmutzt und mit Wattestäbchen vorsichtig wieder sauber gemacht. Ist es ein Problem, wenn es nicht 100% sauber ist?

Sollte keine Probleme geben wenn die Wärmeleitpaste keinen Strom leitet.

Tatsächlich kann man den Sockel im Mainboard sogar vollschmieren und die CPU hat immer noch guten Kontakt.

Das wird unter anderem bei Subzero Cooling gemacht damit sich im Sockel kein Tauwasser bildet:

In diesem Fall mit nichtleitendem Schmierfett.

Wenn es sich um die Seite handelt, auf der die Leitpaste auch drauf sein sollte, nein. Minimale Rückstände sind da kein Problem. Es mag einen geringfügig messbaren Unterschied machen, aber der fällt nicht ins Gewicht, wenn eine neue Paste aufgetragen und der Kühler ordentlich montiert wird.

Meinst du auf der Unterseite oder wie? Solange die Wärmeleitpaste nicht elektrisch Leitfähig ist, sollte es keine Probleme geben.