Ich tippe auch auf's Lager des Lüfters.
Dass das Geräusch nur für die ersten 5 Minuten kommt, liegt vermutlich daran, dass dein Motherboard die Drehzahl des Lüfters reguliert, last- und/oder temperaturabhängig, und diesen eben nach dem Start des Computer für einige Zeit mit einer bestimmten Drehzahl (z.B. volle Drehzahl, oder vielleicht auch verringerte Drehzahl, weil die CPU und der Kühlkörper in den ersten Minuten noch kalt genug sind) drehen lässt, bei der das Lager eben rattert. Später ändert sich dann die Drehzahl, und der Lüfter läuft ruhiger.
Kann aber auch sein, dass der Lüfter selber erst eine Weile rattern muss, bis er (bzw. sein Lager) warm genug ist und besser, ruhiger läuft. Das hatte ich auch mal bei 'nem GPU-Lüfter. Der ist inzwischen entsorgt. =)
Das Geräusch war doch sicherlich nicht von Anfang an da, oder? Vorsichtshalber solltest du den Lüfter ersetzen, bevor er tatsächlich seine letzte Runde dreht und die CPU überhitzt. Wenn du keine besonderen Ansprüche an bestimmte Farben, Optik, Flügelform, Marke usw. stellst, dann sind gute CPU-Lüfter schon relativ günstig erhältlich. Er sollte halt passen, sowohl von der Größe (Durchmesser, Befestigung, Anschluss) her als auch vom mindestens nötigen Luftvolumen. Wenn du dich damit (sowie auch mit dem Austausch an sich) selber nicht auskennst, dann lass da lieber eine(n) Fachmann/-frau ran. Vorsichtshalber. („Fachmann“ ist nicht jemand, der das „schonmal gemacht“ hat... ;)