Perlen bilden sich in der Natur unter nicht genau geklärten Umständen.
Henry A. Hänni, Professor für Gemmologie an der Universität Basel, wie auch Jochen Schlüter, Leiter des Mineralogischen Museums der Universität Hamburg, gehen davon aus, dass für die Perlenbildung Epithelzellen der Muschel verantwortlich sind, die durch Einbohrung von Parasiten oder durch andere Verletzungen in das tiefere Mantelgewebe der Muschel verschleppt werden, wo sie eine Zyste bilden. Kalziumkarbonat,das Baumaterial der Schale, wird dort abgeschieden und lagert sich Schicht um Schicht ab, was schlussendlich zur Perle führt.
Fast alle Perlen, die heutzutage für die Schmuckherstellung verwendet werden, werden gezüchtet. Anlass für die Bildung einer Zuchtperle ist ein eingebrachtes Transplantat, das zu einem Perlsack auswächst.
