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Das ist halt ein Charakteristikum der Seitenketten. Eine saure Aminosäure hat in der Seitenkette eine weitere Carboxylgruppe, die ein Proton abgeben kann (Aparaginsäure) und eine basische Aminosäure eine Aminogruppe die ein Proton aufnehmen kann (Lysin). Eine polare Aminosäure hat in der Seitenkette eine polare funktionelle Gruppe wie bspw. eine Hydroxy-Gruppe (Serin) oder Thiol-Gruppe (Cystein) und eine unpolare Aminosäure hat eine unpolare Seitenkette (Valin).
Das lässt sich zum Beispiel an den isoelektrischen Punkten (IEP) erkennen. Aminosäuren mit sauren Seitenketten haben einen niedrigeren isoelektrischen Punkt als AS mit basischen Seitenketten. AS mit polaren Seitenketten zeigen einen Trend hin zu niedrigeren IEP, da auch hier eine Protonierung an der polaren Gruppe möglich ist.