Des funktioniert über Push-Benachrichtigungen. Der Whatsapp-Server teilt einem Server von Apple/Google/Microsoft (je nach Smartphone) mit, dass er gerne ein Push-Benachrichtigung an das Handy mit der eindeutigen Nummer #xxxxxxx senden möchte und schickt den Inhalt mit. Dein Handy ist dauerhaft mit diesem Server verbunden und empfängt dadurch ohne große Zeitverzögerung die Nachricht.
Wenn die App offen ist, besteht eine dauerhafte Socket-Verbindung zum Whatsapp-Server und sendet neue Nachrichten direkt ohne Umweg.