Wie weit über dem Boden fängt der Himmel an?

Es gibt keine Grenze, ab der der Himmel beginnt. Was es aber gibt sind die sog. Luftschichten (Siege Bild).

PS: Flugzeuge fliegen auf einer Höhe von ca. 3000 km.

Es gibt keinen Himmel. Es gibt nur verschiedene Luftschichten, und die fangen direkt ab dem Erdboden an:

https://www.schullv.de/resources/images/geo/desktop/schichten.png

Wo keine Luftmoleküle mehr sind, oder ganz wenige... mindestens 25 km über dem Boden. Im Auto 15 cm über meinem Kopf.

Direkt darüber.