Was ist der Unterschied von einem Protokoll zu einer Dokumentation?

Ich weiß nicht, in welchem Zusammenhang Deine Frage steht, aber 'mal ganz pauschal würde ich sagen:

Ein Protokoll ist der Nachweis, die Mitschrift, die Aufzeichnung usw. über einen bereits abgelaufenen Vorgang.

Eine Dokumentation ist die Planung, die Anleitung, ein Vorschlag  usw., wie ein anstehender Vorgang durchgeführt werden sollte.