Stell dir vor, der Atomkern hätte die Größe einer Murmel (also Durchmesser 1 cm) wie groß wäre dann ein Atom/ein Proton/ein Quark?

Hängt natürlich vom Atom ab, dürfte aber in der Größenordnung eines bis mehrerer Kilometer liegen. Das Proton ist in der Größenordnung der Murmel.
Quarks sind kleiner. M. W. gelten sie als punktförmig, wie das Elektron. Dabei geht es natürlich nur um die Eigen-Ausdehnung. Die Vorstellung von einem daherschwirrenden Punkt ist sicher falsch.
Vielmehr haben gerade "Punkt"teilchen einen ausgeprägten Wellencharakter, wobei die Wellenlänge umgekehrt proportional zum Impuls ist.
Das Elektron z. B. bildet im Atom eine stehende Welle.

Ich kenne den Vergleich "Ein Kirschkern steht im Verhältnis zum Kölner Dom".
Also sind die Kerne nicht all zu groß :D

Das Größenverhältnis Kern zu Hülle ist etwa 1: 10^5

Bei einem Kerndurchmesser von 1 cm hätte damit die Hülle den Durchmesser von 1 km.

Das Verhältnis von Atomen zu Atomhülle ist ungefähr das Verhältnis zwischen einem Stecknadelkopf zur Kuppel des Berliner Fernsehturmes. So wurde es uns veranschaulicht.