Ist akatsuki böse?

Ihre Pläne, ja.

Der Grund oder die Bedeutung bzw. warum sie das machen, nein.

Akatsuki war immer gegen Krieg und gegen Hass, jedoch veränderte es sich nach einer Zeit. Ihr Ziel war es bzw. Madaras Ziel war es alle Menschen in ein ultimativen Genjutsu zustecken, wo es kein Krieg, kein Hass und wo es friedlich ist. Im Endeffekt hatten sie nichts böses vor, aber hatten einfach die falsche Idee um diese Probleme zu lösen.

Zur Zeit der Gründung der Akatsuki-Organisation sollte es eigentlich dem Guten dienen, jedoch veränderten sich die Absichten von Akatsuki vollkommen durch den Tod von Yahiko.

Später gehören sie zu bösen Seite, jedoch nicht wegen ihrer Ansichten, sondern wegen ihrer Taten.

am anfang nicht, aber sie wurde böse

Akatsuki arbeitet anfänglich im Verbogenen; vollzieht Attentate und Spionage, ohne großes Aufsehen zu erregen. In Naruto Shippuuden wird die Gruppe jedoch wesentlich aktiver und nimmt die Rolle des Antagonisten ein. Einige Mitglieder benutzen ihre Mitgliedschaft in der Organisation, um persönliche Ziele zu erreichen.

Also ja kann man sagen

Die Gründe warum sie das tun sind gut. Ihre Art und Weise wie sie vorgehen ist jedoch schlecht. (Attentate zum Beispiel)