Transsexualität ist im Islam erlaubt. Ayatollah Khamenei erklärt es wie folgt:

Frage: Es gibt Personen, die äußerlich (zwar) männlich sind, aber von den psychischen Aspekten her einige Eigenschaften der Weiblichkeit haben, und sie haben vollständige weibliche sexuelle Neigungen, so dass, falls sie ihr Geschlecht nicht umwandeln, sie in Verderbnis geraten werden. Ist es dann erlaubt, sie durch die Durchführung einer Operation zu behandeln?

Antwort: Die erwähnte Operation ist zulässig, wenn sie für die Auf-deckung und Offenlegung der tatsächlichen Identität erfolgt, mit der Voraussetzung, dass diese (Operation) nicht mit einer verbotenen Handlung verbunden ist und keine Verderbnis daraus folgt. 

Es ist wichtig zwischen Transsexualität und Transvestitismus zu differnzieren. Letzterer ist im Islam unzulässig, das heißt Frauen dürfen sich nicht wie Männer kleiden und andersherum genauso:

Es ist von Abū ʿAbdillāh (aṣ-Ṣādiq) und Abū Ibrāhīm (al-Kāẓim) erzählt worden, dass sie sagten: Gottes Gesandter (ṣ.) sagte: „Gott verfluche diejenigen von den Frauen, die die Männer nachahmen und Gott verfluche diejenigen von den Männern, die die Frauen nachahmen.“ [Al-Kafi von Al-Kulaini, Band 5, Seite 552]