In früheren Jahrhunderten trugen Ritter, Soldaten, Polizisten und hochgestellte Persönlichkeiten Helme. Das Abnehmen eines Helmes zur Begrüßung oder beim Betreten eines Raumes war also das Signal, dass jemand in friedlicher Absicht kommt. Diese Geste wurde dann auch auf Hüte und Mützen übertragen.
Ich persönlich finde schon, dass solche Höflichkeitsformen sinnvoll sind, auch wenn es keine (gesetzliche) Verpflichtung dazu gibt. Möglicherweise steht es in einigen Kirchen aber in der Hausordnung.