Ich vermute folgendes:
OneDrive ist ein online Speicher. Wenn du Daten in den OneDrive Ordner schiebst werden sie hochgeladen. Auf deinem PC werden sie natürlich angezeigt, denn da liegen sie ja - das heißt aber nicht dass sie schon hochgeladen wurden, das dauert seine Zeit. Das solltest du normalerweise auch angezeigt bekommen.
Wenn du die Festplatte gelöscht hast bevor er mit dem synchronisieren fertig war sind jetzt alle Dateien weg die noch nicht hochgeladen worden waren. Das erklärt warum du die Ordner siehst (werden sofort angelegt) und einige Dateien (die die schon hochgeladen worden sind).
Hast du denn sonst überhaupt kein Backup? Ein Cloudspeicher eignet sich generell nicht als Backup, da Fehler die auf der Festplatte passieren sofort in die Cloud synchronisiert werden...