Das klingt ziemlich stark nach Milben-, Haarling-, oder Pilzbefall.
Bei Pilzbefall ist die Stelle oft rund und breitet sich kreisförmig aus, bei Milben ist die Haut auch an Stellen schuppig, an denen sich noch Haare befinden. Diese schuppigen Stellen sind meist extrem trocken und jucken, weshalb sie aufgekratzt werden.
In jedem Fall gilt erstmal: Das arme Meerschweinchen sollte bis morgen in Einzelhaft. Ich weiß nicht, wie groß Deine Gruppe ist und ob Du nur ein Partnertier hast, das dann eben auch alleine wäre, aber das ist (für den einen Tag) immer nch besser, als wenn sich die anderen anstecken.
Dann solltest Du die Gehege gründlich reinigen und die Einstreu, das Heu und das Stroh wechseln. Wenn möglich, versuche alles mit einem stark verdünnten, möglichst milden Mittel zu desinfizieren. Bürsten (da Du Langhaarwutzis hast) kommen in die Waschmaschine (in einem Kopfkissenbezug), die Spülmaschine oder kochendes Wasserbad tun es auch.
Auf jeden Fall müssen die Milben / der Pilz weg.
Für die Haut Deines befallenen Meerschweinchens gibt es milde Bäder, die leicht antibakteriell wirken und den Juckreiz lindern, auch Lotionen können helfen, da sie nachfetten. Lass Dich da von Deinem TA beraten, denn viele Hausmittel (z.B. Teebaumöl) sind bei Tieren ungeeignet.
Und erkundige Dich genau, was er Dir gibt, denn viele Pilzmittel wirken zwar schnell, aber werden beim (gegenseitigen) Putzen abgeleckt, so dass sie in den Verdauungstrakt geraten und Schaden anrichten können. Und sag dazu, wie viele Meeries Du hast, falls die anderen mitbehandelt werden müssen.
Mach das alles am besten gleich morgen Früh, denn das arme Schweinchen muss ja so lange alleine sitzen, was ihm gar nicht gut tut. Und außerdem ist das Jucken auch nicht gerade schön. Viel Glück.