Nun, die ganze Shippuden-Serie dreht sich ja mehr oder weniger um Akatsuki, also sind sie - in irgendeiner Weise - in ziemlich jeder Folge Thema.. Wie dem auch sei:

Naruto

• Itachi & Kisame vs. Kakashi, Asuma, Kurenai: Episode 81-82
• Sasuke trifft auf Itachi: Episode 83-85
• Zetsus erster Auftritt: Episode 134

Shippuden

• Deidara & Sasori Arc: Episode 3-32
• Itachi & Kisame vs. Konoha: Episode 12-16
• Hidan & Kakuzu Arc: Episode 72-88
• Deidara & Tobi Szenen: Episode 109-112
• Deidara vs. Sasuke: Episode 121-125
• Naruto trifft auf Itachi: Episode 126
• Pain vs. Jiraiya: Episode 129-133
• Itachi & Kisame Szenen: Episode 134&135
• Sasuke vs. Itachi: Episode 136-139
• Tobi Szenen: Episodes 139&140
• Sasuke vs. Killer Bee: Episode 141-143
• Pain vs. Utakata: Episode 151
• Pain vs. Konoha Arc: Episode 156-170 (außer 170&171)

Ab da kommen quasi ständig Tobi, Zetsu und Kabuto vor und der Krieg Arc beginnt (außer gefühlte Millionen Filler..).

Wahrscheinlich hab ich ein paar Folgen vergessen, aber das kommt im Groben hin. Schau dir auf jeden Fall alle Folgen an, es lohnt sich. :>

Wenn ich mich recht entsinne, habe ich alle in der Story freigeschaltet. Allerdings war zu Beginn die Hälfte schon da, weil ich Teil 1 und 2 gespielt habe und sie dadurch bekommen habe.. Aber wahrscheinlich hätte ich sie auch in der Story bekommen. Gekauft habe ich aber definitiv nichts.