Eine ab und zu diskutierte Theorie ist, dass hierdurch das auftreten neuerer funktionaler varianten der Proteine begünstigt wird. Die Protein-codierenden Bereiche sind durch die Exons auf der DNA noch quasi in getrennte Untereinheiten aufgeteilt. Durch alternatives spleissen oder auch durch rekombination innerhalb der chromosomen können sich so verschiedene funktionale unterheinheiten zusammenfinden und so neue funktionen hervorrufen. Eukaryoten wachsen im vergleich zu bakterien sehr viel langsamer und betreiben auch bei weitem nicht so intensiven horizontalen gentransfer. Daher wäre diese Art quasi die Evolution bzw. das auftreten neuer varianten "etwas zu beschleunigen" für Eukaryoten sinnvoller als für Bakterien.
Eine andere manchmal diskutierte Erklärung ist, dass durch das Vorhandensein dieser mehr oder weniger "sinnfreien" Introns eine Art "Puffer" geschaffen wird, in dem sich Mutationen ansammeln können ohne gleich wichtige codierende Bereiche zu schädigen (So gesehen ist diese Theorie also das genaue Gegenteil von der oben genannten). Diese (zweite) Theorie finde ich allerdings wenig zufriedenstellend, weil sie annimmt, das Mutationen gleichmässig auf der DNA verteilt vorkommen (Stimmt nicht, es gibt häufig Hot-Spots).