Kurz und knapp: Es sind einfach zu viele Tweaks installiert worden. Dadurch verlangsamt das System massiv, da das iPhone 4s nur 512 MB RAM hat. Vielleicht solltest du dich einige Tweaks von dir loslassen. Besonders Tweaks die sehr auf das System zugreifen. Oder du setzt dein iPhone auf die neueste Version wieder her (mach aber vorher NUR einen Backup von deinem persönlichen Daten und nicht das komplette System, da sonst im Backup die Restdaten vom Jailbreak drin ist) und installier den Jailbreak erneut.
PS: Ich weis nicht wie flüssig iOS 9 auf das iPhone 4s läuft. Aber wenn es schon ruckelig ist, dann sollte man die Anzahl der Tweaks sehr einschränken.