Erstmal grundsätzliches zu H-Tags, man sollte sie wirklich nur zum Kennzeichnen neuer relevanter Inhalte nutzen, alles über h3 -h4 ist optisch to much. Da man ja eigentlich nur die Wichtung darstellen will, würde ich z.B. alle h-Tags in CSS identisch formatieren.
h1, h2, h3, h4, h5, h6 {
font-size: 12pt;
font-weight: bold;
}
über 14 Punkte würde ich nicht rausgehen. Punkte deshalb, um ein relatives Verhalten statt eines absoluten Verhalten, wie bei px z.B., zu erreichen. Man kann auch zwei Gruppen bilden und unterschiedlich formatieren. Aber wie Sie schon selbst bemerkt haben, zerschlagen zu groß gewählte Tags das Layout, dem kann man, wie beschrieben, entgegenwirken und trotzdem die Gewichtung erreichen, die man braucht.
Zum Popup: die meisten Browser sind inzwischen in der Grundeinstellung so eingestellt, dass Popups entweder unterdrückt oder garnicht erst ausgeführt werden, insofern wirklich nachdenken, wie sinnvoll das ist. Ich würde da z.B. mit einer Sprungmarke innerhalb der Seite arbeiten, um das Popup Problem von vornherein auszuschalten. Und nochwas, ein Popup ist i.d.R. gescriptet und somit wird kein Bot dem Verweis folgen, da JS zwar erkannt aber nicht interpretiert wird, heißt, man wird schon gezwungen eine Sitemap in die Codierung zu integrieren, da die Links für Bots schon mal nicht barierefrei sind, wenn man JS einsetzt.