Ich glaube das liegt im Auge des Betrachters.
Man könnte es so deuten, dass Tomoya bis zu dem Happy End entweder eigentlich gelebt hat und alles auch dementsprechend mitbekommen hat, und danach eine Art zweite Chance bekommt, vielleicht auch weil er seinen eigenen Vater gegen Ende durch diese Storyline verstehen/nachvollziehen konnte. Zudem hat er auch Erinnerungen von dem Sad End.
Eine andere Deutung wäre wohl, dass Tomoya das ganze nur "gezeigt bekommen hat", sprich eine Art (wenn doch etwas lange) Zukunftsversion.
Ich persönlich halte das erste für wahrscheinlicher, da es im kompletten Context mehr Sinn macht, auch mit der parallel laufenden Geschichte mit dem kleinem Mädchen und dem Roboter.
Demnach, um deine Frage zu beantworten:
Beide sind real und finden auch in der Reihenfolge statt, wie die Folgen angeordnet sind. Das Happy End ist auch kein einfacher Time-Loop, da nur ein Tomoya existiert, evt. hat es etwas mit Parallel-Universen zu tun, aber ich glaube das ist zu viel des Guten :D