Ja das geht, der Pokewalker kann aber immer nur mit einem Spiel gleichzeitig verbunden sein. Ständig hin und herwechseln, bringt dir also nichts, weil dann jedes Mal alles gelöscht wird.
Wenn dein Pokewalker noch auf ein Spiel registriert ist, kann man das auch problemlos mit einem neuen Spiel überschreiben.