Da du vermutlich Bukkit oder Spigot als API verwenden wirst und beide Bibliotheken in Java geschrieben sind, würde ich dir Java aus Komfortgründen empfehlen.

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Moleküle sind eine Art, wie sich Atome verbinden können.

Atome wollen immer eine Edelgaskonfiguration erreichen, d.h. die Valenzschale soll voll sein, d.h. auf in ihr befinden sich 8 (bzw 2 bei Helium) Elektronen. Das nennt man *Oktettregel*. Beispiel Sauerstoff: Sauerstoff hat 8 Elektronen, davon zwei auf der inneren Schale und 6 auf der äußeren Valenzschale (Das lässt sich an der Hauptgruppe [6] ablesen). Folglich muss er 2 Elektronen aufnehmen, um die Oktettregel zu erfüllen. Jetzt kommen die Moleküle ins Spiel. In Molekülen "teilen" sich zwei Atome jeweils 1-3 Elektronen. Das nennt man "Elektronenpaarbindung". Bei unserem Sauerstoff könnte man z.B. ein zweites Sauerstoff-Atom hinzunehmen. Dann stellt jedes Atom dem anderen jeweils 2 Elektronen zur Verfügung. Somit haben die Sauerstoff-Atome dann jeweils 8 Valenzelektronen und sind "zufrieden". Daher kommt in der Natur reiner Sauerstoff auch immer als O2-Molekül vor.

Sooo, Polarität. Atome haben eine Eigenschaft, die sogenannte Elektronegativität (EN). Dafür gibt es Tabellen, aus denen man die Werte ablesen kann. Der Wert sagt aus, wie stark ein Atom die Bindungselektronen anzieht. Umso höher der Wert, desto stärker die Anziehung. Jetzt stell dir mal eine Bindung vor, in der ein Atom die Elektronen deutlich stärker anzieht als das andere. Dann befinden sich die Elektronen näher bei diesem Atom. Als Beispiel mal eine HO-Bindung (wie in Wasser). Wasserstoff (H) hat eine EN von 2,2 - Sauerstoff hat eine EN von 3,5. Das heißt der Sauerstoff zieht die Elektronen deutlich stärker an. Dadurch verschieben sich die negativen Ladungen der Elektronen in Richtung Sauerstoff. Der Sauerstoff ist dadurch 'negativer' als der Wasserstoff. Man spricht von Teilladungen oder Partialladungen. Wenn die Differenz zwischen den beiden EN der Atome größer/gleich 0,4 ist, ist die Bindung, i.d.R. polar. Die "Eletktronegativitätsdifferenz" bei HO ist z.B. 1,3 (3,5-2,2). Damit ist die Bindung stark polar.

Soviel zu Molekülen.

Ionen sind eine andere Art wie Atome binden. Ionen haben entweder Valenzelektronen aufgenommen oder abgegeben. Sie teilen dabei keine Elektronen! Auch hier soll wieder die Oktettregel erfüllt werden. Als Beispiel einer Ionen-Bindung nehmen wir mal gewöhnliches Kochsalz (Natriumchlorid, NaCl). Metalle (wie Natrium) stehen links im Periodensystem, sie haben nur wenige Elektronen auf der Valenzschale, bei Natrium z.B. 1 Elektron. Anstatt jetzt 7 Elektronen aufzunehmen, ist ed einfacher 1 abzugeben. Bei Chlor ist es umgekehrt, es hat 7 Valenzelektronen und hier ist es am einfachsten 1 Elektron aufzunehmen. Passt perfekt. Das Natrium gibt sein überflüssiges Elektron an das Chlor ab und beide sind zufrieden. Das Natrium hat dann eine negative Ladung weniger als zuvor und ist ingesamt einfach positiv geladen. Man spricht von einem Kation und schreibt Na+ (das Plus steht klein oben am Elementsymbol). Bei Chlor ist das umgekehrt. Es hat eine negative Ladung mehr. Es handelt sich um ein Anion, Cl-).

Ich hoffe, das war so verständlich.

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Du kannst entweder eines der kostenlosen Programme McEdit/NBTEdit benutzen oder es tatsächlich über einen Befehl machen: Da ist aber sehr kompliziert und ich glaube erst in der 1.8 möglich - Dafür gibt es aber eine Google-Ergebnisse, die dir helfen können

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