Chakra ist die Innere Energie, die in Yin und Yang aufgeteilt ist. Dem körperlichen und der geistigen Kraft. Beide Kräfte werden vermischt, um Chakra zu erzeugen. Alles Chakra was existiert kommt von der Frucht des Weltenbaumes der später zu Juubi wird, welches dann von Kaguya konsumiert und dann von Rikudo Sennin weitergegeben wurde. Obwohl Kaguya behauptet, dass alles Chakra ursprünglich ihres ist, wird auch klar gesagt, dass Chakra durch die eigene innere Energie erschaffen wird und man sogar umkommt, verliert man alles Chakra. Was ziemlich verwirrend, gegensätzlich und schlichtweg dumm ist, aber machen wir weiter.
Chakra besteht aus Körper und Geist. So lange man Körper und Geist hat, überlebt man, selbst dann wenn man es in Chakraform hat. Das heißt, wenn man 30% seiner Energie in Chakra umwandelt und dann alles ausgibt passiert nichts. Wenn man 100% seiner Energie in Chakra umwandelt passiert auch nichts, so lange man es nicht ausgibt, aber soweit man alles in Chakra umwandelt und dann ausgibt gerät man in Lebensgefahr und kann sterben, wenn sich die Energie nicht schnell genug regeneriert. Sie kann sich aber generell regenerieren.
Außerdem hat jedes Chakra eine Haupteigenschaft und manchmal sogar mehrere. Es ist nicht genau bekannt, ob jeder Ninja jedes beliebige Element erlernen kann, aber es ist bekannt, dass nur Ausnahme-Ninja über alle 5 verfügen. Das könnte daran liegen, dass die meisten Ninja möglicherweise nur ein paar Elemente haben, aber auch daran, dass es einfach ein zu großer Lernaufwand ist.
Selbst mit einem Element, kann man nicht sofort Elementjutsu lernen. Man muss erst die Naturkontrolle verbessern, indem man trainiert sein Chakra eine Eigenschaft zu geben. Wind ist die Eigenschaft der Schärfe, Erde die der Härte und Verformbarkeit. Neben Elementkontrolle, oder auch Sheishitsuhenka, gibt es noch Keitaihenka, die Formveränderung. Man formt Chakra um, so wie man es braucht. Beispielsweise zu Rasengan.