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Erstens wälzt sich die Masse der heutigen Schweine überhaupt nicht mehr im Dreck. Die Schweine haben keinerlei Kontakt mehr mit Erde und Kot/Urin fällt sofort durch die Spaltenböden.
Weiterhin gibt es praktisch keine tierische Erzeugung, wo Tiere nicht beschmutzt sind. Auch Kühe können sehr sehr dreckig sein.
Es gibt aber auch kaum pflanzliche Erzeugung, wo Pflanzen nicht mit Gülle, Stallmist usw. in Berühung kommen.
Nach aller kultureller Erfahrung von Jahrtausenden ist es nicht notwendig, Nahrung "keimfrei" zu erzeugen.