Eine Möglichkeit besteht darin, ein Dateivergleichstool zu verwenden, das automatisch alle Dateien in beiden Ordnern vergleicht und Ihnen dann anzeigt, welche Dateien in einem der Ordner älter sind als die in dem anderen Ordner.
Ein solches Tool ist beispielsweise "Beyond Compare". Dies ist eine kostenpflichtige Anwendung, die jedoch eine kostenlose Testversion bietet. Nach der Installation können Sie die beiden Ordner in Beyond Compare öffnen, indem Sie sie per Drag & Drop in das Programm ziehen. Dann können Sie das Tool so konfigurieren, dass es nur die älteren Dateien im einen Ordner durch die neueren Dateien im anderen Ordner überschreibt.
Eine andere Möglichkeit besteht darin, ein Skript in einer Skriptsprache wie Python oder PowerShell zu schreiben, um die Dateien zu vergleichen und nur die älteren Dateien zu überschreiben. Sie können beispielsweise das Datum der letzten Änderung für jede Datei vergleichen und dann nur die ältere Datei überschreiben. Wenn Sie nicht über Programmierkenntnisse verfügen, gibt es auch zahlreiche kostenlose Skripte im Internet, die Sie für diesen Zweck verwenden können.
Bevor Sie jedoch damit beginnen, Dateien zu überschreiben, empfehle ich Ihnen dringend, eine Sicherungskopie Ihrer Daten zu erstellen, um sicherzustellen, dass Sie im Falle von Fehlern oder Problemen immer auf eine intakte Kopie Ihrer Daten zugreifen können.