Wir können nicht ausschließen, dass es auch mal Mikroorganismen gab die ihre Codons aus mehr oder weniger als 3 Basenpaaren gebastelt haben. Aber wenn, dann sind sie ausgestorben weil wenn man sich die Codierung anschaut, muss man vor allem zwei Effekte berücksichtigen:
Nimmt man nur zwei Basenpaare für die Codierung, kann man maximal 16 (=4^2) unterschiedliche Aminosäuren codieren. Damit ist man sehr begrenzt mit seinem Baukasten - welche der 20 biogenen Aminosäuren würdest du hier weglassen? Cystein? Dann sind keine Schwefelbrücken mehr möglich, deine Moleküle verlieren Stabilität; Glycin? Dann wirds schwierig lauter sperrige Aminosäuren miteinander zu verbinden; Glutamat oder Aspartat? Dann schränkst du dich bei deinen Möglichkeiten ein, mit zB. Esterbindung dein Molekül zu fixieren.
Nimmt man hingegen zb. vier Basenpaare pro Codon, verlangsamt man damit automatisch die Transkription und Replikation. Auch die Translation wird langsamer, weil mehr tRNAs in der Zelle herumschwimmen müssen, und die Chance dass das passende zur mRNA kommt damit reduziert wird. Sprich, du hast einen eingebauten Nachteil gegenüber allen Organismen, die schneller reagieren können als du, zB bei der Sporulation wenn die Umweltbedingungen sich so rapide verschlechtern dass es ums blanke Überleben geht. Wer hier schneller seine zelluläre Schutzmauer aufgebaut hat, hat bessere Chancen zu überleben.