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Um das zu beantworten, müsste man wissen, wie alt die Katzen bei der ersten Trennung waren - falls es noch Kitten gewesen sein sollten, hier Teil 1 meiner Antwort:
Die dauernden Machtkämpfe und evtl. sogar das scheue Verhalten werden auf Verhaltensstörungen durch fehlende Sozialisation zurückzuführen sein. Kitten dürfen niemals alleine ohne kätzischen Partner sein (Katzen generell nicht, bei Kitten hat es nur auf lange Sicht gesehen den größten Einfluss auf das Verhalten). So gesehen wird die Trennung dann sehr leicht verlaufen, da dann wohl beide leider alleine aufgewachsen sind und ja, es kann möglich sein, dass sich beide Katzen aufgrund der falschen Sozialisation dann alleine augenscheinlich wohler fühlen. Hier müsste man versuchen, mit einer lieben, ruhigen neuen Zweitkatze eine erneute Zusammenführung in der neuen Wohnung zu versuchen - und hoffen, dass es funktioniert. Denn Einzelhaltung ist immer menschengemacht und sollte vermieden werden.
Teil 2, falls die Katzen schon ausgewachsen übernommen worden sind und "nur" das eine Jahr alleine waren:
WIe gesagt - Einzelhaltung ist nicht artgerecht. Um eine Zweitkatze kommst du und deine Mutter nicht drumrum. In diesem Fall kann die Trennung schwieriger verlaufen, da Katzen erstmal Veränderungen schlecht finden werden. Will heißen, viele Rückzugsräume für beide Katzen in den jeweiligen Wohnungen schaffen, so schnell wie möglich eine Zweitkatze organisieren, integrieren und ihr habt glückliche Tiere.