Hi,
zunächst zur Frage, wie du versteckte Dateien einblenden kannst: Im Explorer auf Extras > Ordneroptionen gehen dann zum Reiter Ansicht und in der unteren Liste Versteckte Dateien und Ordner > Alle Dateien und Ordner anzeigen wählen. Damit werden die versteckten Dateien sichtbar. Wenn du wirklich Alles sehen möchtest, deaktivierst du zusätzlich noch Geschützte Systemdateien ausblenden (etwas höher).
Ob eine Datei überhaupt versteckt werden soll oder nicht, regelst du in den Eigenschaften der Datei: Rechte Maustaste auf die Datei > Eigenschaften > ganz unten Attribute > Versteckt üblicher Weise sind Autorun-Dateien aber gar nicht versteckt. Nach dem du versteckte Dateien über die Ordneroptionen eingeblendet hast, kannst du so (über die Eigenschaften) jede Datei wieder dauerhaft sichtbar machen.
Dein Problem ist aber vermutlich eher, dass dein Anti-Virenprogramm (ich schätze mal AntiVir?) häufiger mit Meldungen nervt, dass es eine Autorun-Datei geblockt hat. Diese Autoruns sind an sich eigentlich nicht gefährlich, können allerdings dazu verleiten ein Programm auszuführen, dass man eigentlich nicht starten möchte. Wenn du dir deiner Sache sicher bist, da du nur vertrauenswürdige USB-Sticks einsteckst und/oder ausschließlich mit eingeschränkten Rechten arbeitest, kannst du das Blockieren von Autoruns durch AntiVir deaktivieren:
Rechte Maustaste auf das Traylogo > Antivir konfigurieren dann den Haken bei Expertenmodus setzen und in der Baumstruktur auf Guard > Suche > Aktion bei Fund gehen und Autostart > Autostart-Funktion blockieren deaktivieren.